日晷的缺點主要包括：
天氣依賴性。日晷的使用高度依賴於陽光，在陰天或下雨天氣，日晷無法正常使用。
使用局限性。日晷的構造和使用的複雜性限制了其普及，且通常只適用於特定條件良好的地區。
缺乏靈活性。與現代鐘錶相比，日晷不能提供定時功能，也不能作為鬧鐘使用。
使用難度。日晷的使用相對複雜，需要專門的知識來解讀，不像現代時鐘那樣簡單方便。
精確度問題。日晷的精確度受到多種因素的影響，如地理位置、季節變化等，這使得它不如現代時鐘精確。
笨重性。日晷的構造相對笨重，移動和安裝不如現代時鐘方便。
以上缺點使得日晷在實際套用中存在局限性，不如現代計時工具普遍和方便。