自製EM菌原液的方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備材料。菌種母粉（包括光合菌、乳酸菌、酵母菌、革蘭氏陽性放線菌、發酵系的絲狀菌等五大類微生物中的有益微生物）、赤砂糖或糖蜜、以及一個密封容器（如帶蓋的塑膠桶或壺）。
混合材料。將2~4公斤赤砂糖倒入乾淨的塑膠容器中，加入約35℃的冷開水，加入一包（500克）菌種母粉，簡單攪拌使溶解。
密封發酵。密封容器，放在室溫25℃左右的環境下進行培養，每天開蓋放氣與攪拌1~2次，大約7天左右完成培養。若溫度低於25℃，產氣階段會延長，當產氣連續2~3天感覺沒有增加或下降時，表示已經完成培養。
儲存和使用。在2個月內使用效果最好，每次取出後一定要密封保存。若發現塑膠桶脹氣特別嚴重，應放氣，並注意安全。
EM菌原液是一種含有多種有益微生物的液體，用於促進土壤健康和植物生長。在製作過程中，保持清潔和適當的溫度是非常重要的。