飛天御劍流的奧義包括多種招式，其中最著名的可能是天翔龍閃。天翔龍閃是飛天御劍流中最快的招式，能夠在任何距離和環境下瞬間發動，不需要隔開攻擊距離或提前準備。這種劍技的傳授過程特殊，通常需要師傅以九頭龍閃對徒弟進行攻擊，迫使徒弟自悟天翔龍閃。如果徒弟成功使出天翔龍閃，通常意味著師傅的死亡，因為徒弟的劍技已經超越了師傅。成功掌握天翔龍閃的徒弟會被授予象徵「飛天御劍流」的白色斗篷，成為該流派的繼承者。
另一個奧義是雷龍閃，這是天草翔伍自創的飛天御劍流招式，能夠用劍氣使對手失明。而九頭龍閃則是劍術的基本九個斬擊方向，包括多種斬擊方式，能夠以飛天御劍流的神速同時發出這九劍，讓對手無法防禦也無法迴避，是最強的突進系劍技。
值得注意的是，比古清十郎能夠以九頭龍閃破九頭龍閃，瀨田宗次郎能夠以縮地閃避，雪代緣能夠以神速擋，顯示出九頭龍閃並非無懈可擊。而天翔龍閃則被描述為超神速的拔刀術，蘊涵強烈的求生意志，是飛天御劍流的最高劍決。