電影《普羅米修斯》的故事主要圍繞一個考古學家，他在一個未知星繫上的未知環境中尋找生命的起源，並發現了關於人類起源的驚人秘密。
故事開始於一群科學家在火星上尋找水源時，發現一個巨大的地下城市。他們發現了一種DNA元件，這些元件可以說明生命的起源和外星文明的秘密。在接下來的過程中，他們學到了一些關於宇宙中生命的不尋常規程和起源，也觸及到一些高級生物的秘密。
最終，他們發現這個星球上的生命體是外星智慧，他們曾經幫助地球上的人類演變成智慧生命。這些生物因為對人類的進步感到了擔憂，於是隱藏了自己的秘密。而這些科學家雖然帶走了生命體的DNA，卻留下人類文明來保持人類對這個星球神秘面紗的崇拜。
以上為電影《普羅米修斯》的大致故事，詳細情況請參考電影作品。