酶切方法通常分為單酶切和雙酶切兩種類型，它們各有優缺點和不同的套用場景。以下是相關介紹：
單酶切。使用同一種限制性內切酶切割目的基因和質粒。這種方法操作簡單，但由於限制酶的特異性，可能會出現載體自連現象。酶切後，線性化的載體在瓊脂糖凝膠中的遷移率較環狀載體大，因此可能會出現多條帶，這可能不易於判斷是否兩個酶切位點都已成功切開。
雙酶切。使用兩種不同的限制性內切酶分別切割目的基因的兩端和質粒。這種方法可以確保兩個酶切位點都已成功切開，從而避免載體自連。雙酶切的優點是操作相對簡單，但需要確保兩種酶的反應條件不同，以避免非特異性結合。如果兩種酶的反應條件相同，可以先用一種酶進行酶切，然後通過乙醇沉澱回收DNA分子，再用另一種酶進行酶切。或者先進行低鹽要求的酶切，然後調整鹽離子濃度以適應高鹽的酶反應要求，再加入第二種酶進行酶切。