被子植物和裸子植物在多箇方面有顯著的區別，具體如下：
花的形態和結構不同。裸子植物沒有真正意義上的花，其生殖結構爲孢子葉球，而被子植物具有真正的花，這是兩者之間最顯著的區別；裸子植物的種子裸露，沒有果實包裹，直接暴露在種子鱗片上，如松樹的松果；被子植物的種子被果實包裹，如蘋果和櫻桃。
種子結構不同。裸子植物的種子通常裸露，沒有保護性的果實，而且多數裸子植物的葉子爲針狀或鱗狀；被子植物的種子包含在果實內部，提供額外的保護和營養。
生長環境和習性不同。多數裸子植物可以適應不同的生長環境，從熱帶雨林到寒帶都可以生長，但它們通常更喜歡在陽光充足、土壤排水良好的地方生長；被子植物對生長環境的要求更爲多樣，從沙漠到熱帶雨林都可以生長，被子植物的習性更加多樣，包括常綠和落葉樹種。
經濟價值不同。裸子植物在經濟上具有很高的價值，許多裸子植物種類具有優良的木材質量，如松樹、柏樹等，被廣泛用於建築、傢俱等領域。而被子植物則提供了大量的食物來源，如水稻、小麥、玉米、蘋果、葡萄等，同時，許多被子植物還具有藥用價值，如人蔘、黃芪、金銀花等。
總之，被子植物和裸子植物在花的形態、種子結構、生長環境和習性以及經濟價值等方面存在顯著差異。