衣藻主要生活在淡水環境中，如湖泊、河流、池塘等水域中。 衣藻也可以在水溝、窪地和含微量有機質的小型水體中發現，特別是在早春和晚秋時期最為繁盛。此外，少數衣藻種類能夠生活在海水中，以及潮濕的土壤上。 甚至還有一種衣藻能夠在冰雪上生長，非常特別。