製作藥酒的方法主要有以下幾種：
冷浸法。將藥材切碎並進行炮製，然後將其置於瓷壇或其他適宜的容器中，加入規定量的白酒，密封浸泡。每日攪拌1至2次，浸泡時間一般爲30天，之後取上清液，壓榨藥渣，將榨出液與上清液合併，可加入適量的糖或蜂蜜，攪拌均勻至溶解，再次密封靜置14天以上，之後過濾澄清，進行灌裝。
熱浸法。將藥材飲片用布包裹後，懸吊於容器的上部，加入白酒完全浸沒包裹，加蓋後將容器浸入水液中，文火緩緩加熱，溫浸3至7晝夜，取出後靜置過夜，取上清液，藥渣壓榨後，榨出液與上清液合併，加入冰糖或蜂蜜溶解，靜置至少2天以上，過濾澄清後灌裝。
釀製法。以藥材爲釀酒原料，加曲釀造藥酒，如《千金翼方》中記載的白朮酒、拘杞酒等。但由於此法製作難度較大，步驟繁複，現代家庭較少選用。
滲漉法。將藥材粉碎成粗粉，加白酒浸潤至充分膨脹後，裝入滲漉筒中製備藥酒。此方法較爲複雜，涉及將藥材溼潤膨脹後裝入滲漉筒，加入溶媒並控制液體流出。
這些方法各有特點，可根據所需藥酒的類型和個人偏好進行選擇。