蒼翼默示錄的故事發生在魔術虛淵默認現世的部分異界，在這個世界中存在著稱為“魔術兵器”的人造惡魔。遊戲以現代為背景，各勢力構築自己的勢力網絡，一個波亂動亂的舞台就此展開。主要角色有拉爾夫·鮑爾、莉莉·弗羅雷特、黑歌、右代宮朱雀等。
故事的主線描述了主角和同伴們為了打倒“魔術兵器”的戰鬥，以及他們之間的糾葛和情感。在這個故事中，有著眾多的伏筆和隱藏劇情，讓玩家可以自由探索。故事還有其他細節，如許多角色的背後都有著深厚的淵源和秘密，角色之間的關係複雜，涉及到政治、經濟、文化等眾多領域。
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