葡式蛋撻的歷史可以追溯到18世紀，起源於葡萄牙首都里斯本的熱羅尼莫斯修道院。當時，修女們會使用大量蛋白給衣物上漿，為了不浪費剩餘的蛋黃，發明了這種小巧可愛的奶油酥皮餡餅點心，也就是葡式蛋撻的雛形。1820年，葡萄牙爆發了自由革命，修道院被迫關閉，修道院將蛋撻配方出售給了附近的一家製糖廠。這家製糖廠於1837年在修道院隔壁開了一家專門製作蛋撻的甜品店，名為Pasteis de Belém（貝倫糕餅坊），這也成為了世界上第一家葡式蛋撻店。
20世紀末，葡式蛋撻被英國人安德魯·史斗帶到澳門，並進行了一些改良，如減少糖的用量和採用英式奶黃餡，使得這種蛋撻在亞洲，尤其是中國香港和澳門地區廣受歡迎。安德魯·史斗的葡式蛋撻在澳門非常受歡迎，甚至連肯德基也採用了他的配方，使得葡式蛋撻在全世界範圍內流傳開來。
儘管世界各地都有不同版本的葡式蛋撻，但最初的蛋撻食譜仍然秘藏在貝倫糕餅坊之中，這家葡式蛋撻店至今已有180多年的歷史。