茂谷柑的保存方法有多種，以下是幾種常用的保存方式：
冷藏保存。將茂谷柑放入塑料袋中，然後放入冰箱的保鮮室，可以在3-4℃的溫度下保存3周左右。如果存放在室內陰涼通風的地方，可以保存2周。
松針保鮮法。採集乾燥、新鮮的松針，將柑橘表面陰乾水分後，果蒂朝上放置在紙箱裏，一層松針一層柑橘，封箱後每隔一箇月翻箱一次。
小蘇打水浸泡保鮮法。將柑橘放入小蘇打水中浸泡1分鐘，然後撈出瀝乾，裝進塑料袋中紮緊口，可以存放三個月。
藥劑處理法。使用低毒或無毒藥劑浸果後貯藏保鮮，如50%甲基託布津膠懸劑1000毫克/千克加2,4-D200毫克/千克藥液浸果。
空氣放電貯藏保鮮法。使用空氣放電保鮮機對貯藏環境進行殺菌和淨化。
此外，如果希望茂谷柑更加香甜，可以存放幾天後讓果色開始反紅，甜度也會提升。