修改公司章程的程式通常包括以下幾個步驟：
提議修改。股東會或持有百分之十以上表決權的股東可以提議修改公司章程。董事會也可能提出修改建議，特別是作為公司經營的決策機構。
通知股東。將修改公司章程的提議通知給股東。在有限責任公司中，應當於會議召開十五日前通知全體股東。
股東會決議。股東會需要通過決議來批準章程的修改。在有限責任公司中，這需要代表三分之二以上表決權的股東同意；在股份有限公司中，則需要出席會議的股東所持表決權的三分之二以上通過。
種類股股東同意。如果章程的修改涉及到種類股股東的利益，雖然《公司法》沒有明確規定需要種類股股東的同意，但實踐中可能需要考慮並獲得他們的同意。
主管機關審批。如果章程變更事項需要經主管機關審批，如涉及註冊資本等關鍵事項，那麼必須先獲得相關批準。
公告。特定章程變更事項屬於法律、法規要求披露的信息，需按規定進行公告。
變更登記。完成上述步驟後，公司董事會應向工商行政管理機關申請變更登記。提交的檔案包括公司法定代表人簽署的變更登記申請書、變更決議或決定、以及其他按規定需提交的檔案。如果變更事項需要主管機關審批，還應提交相關批準檔案。