電影《瑪戈皇後》講述了十六世紀後半葉的法國，在這個天主教與新教戰爭的背景下，瑪格麗特公主成為了政治婚姻的犧牲品。她的母親，皇太後為了平息戰亂，將瑪格麗特嫁給了新教徒首領亨利·德·波旁。
婚禮雖然盛大，但瑪格麗特內心並不情願，她在婚禮上拒絕了亨利，而在夜晚，她獨自尋找獵物，這時遇到了一個被搶劫的英俊男子。兩人發生了一夜情，但隨後發生了更多的政治和暴力事件。亨利被皇太後預謀殺害，但瑪格麗特救了他，兩人被軟禁在羅浮宮。在宮中，他們目睹了宮廷內部的腐敗和奢華。
隨後，一場針對新教徒的大屠殺爆發，即聖巴托羅繆之夜，法國血流成河。瑪格麗特的兄弟們在混亂中死於非命，而亨利意外地繼承了法國王位，成為波旁王朝的開國君主亨利四世。瑪格麗特也從公主變成了瑪戈王後。