珍珠的顏色主要受以下因素影響：
微量元素和金屬離子的影響。不同種類的蚌或貝會產生不同顏色的珍珠，這與它們的基因有關。例如，黑蝶貝產生的珍珠是黑色，而白蝶貝產生的則是南洋白珠。珍珠體內含有的金屬離子的種類和含量對有機色素的形成有顯著影響，銅元素會使珍珠呈現金黃色，鈉離子則使珍珠呈現肉色，鋅離子使珍珠呈現粉紅色，銀離子則使珍珠呈現奶油黃色。
養殖過程中的環境因素。光照時間和強度、水域類型等都可能改變珍珠的顏色深淺。
珍珠層上的暈彩。珍珠的顏色也可能受到珍珠珠光層上暈彩的影響。
珍珠的氧化過程。珍珠長時間暴露在空氣中會受到氧化，顏色可能從白變黃，這個過程非常緩慢，甚至比人的壽命還長。
因此，珍珠的顏色是多種因素共同作用的結果，沒有單一的原因導致所有珍珠都是黑色。