煮沸消毒法的原理是利用高溫使細菌、病毒以及其他微生物的蛋白質變性，從而殺死這些微生物，達到消毒或滅菌的目的。
通常情況下，將水煮沸至100℃並保持5分鐘即可殺死大多數細菌的繁殖體，對於一些耐高溫的微生物或者確保更高的無菌程度，煮沸時間可能會延長至10分鐘或更長，例如，對注射器或手術器械進行滅菌時，建議煮沸30到40分鐘。在煮沸消毒過程中，加入2%碳酸氫鈉不僅可以提高沸點，加速微生物死亡，還具有去污和防鏽的作用。
此外，進行煮沸消毒時應注意將物品完全浸沒在水中，保持水的連續煮沸狀態，並避免在消毒過程中加入新的污染物品。