在遊戲《口袋妖怪漆黑的魅影》中，二周目的攻略主要包括以下步驟：
在家中下樓，父親會給你一張船票，然後米可利會打電話來，告知你需要去找其他冠軍的秘密基地。
觀看電視時，選擇一個你不喜歡的水都顏色。
出門後，小田卷博士會帶你來到研究所，並升級你的全國圖鑑。
前往水靜市尋找米可利，地點是一周目無法通過的魅影摩天樓門口。
來到冬雪鎮，在化石迷的家裡可以拿到第二塊化石，然後帶到得文公司二樓復活。
穿過冬雪鎮左邊的流星瀑布，找到小赤和小綠的秘密基地，並挑戰他們。小赤的隊伍包括妙蛙花、噴火龍、水箭龜、乘龍、卡比獸和皮卡丘；小綠的隊伍包括化石翼龍、胡地、怪力、椰蛋樹、風速狗和暴鯉龍。
飛到茵郁市，向下衝浪找到希羅娜的秘密基地，並挑戰她。希羅娜的隊伍包括冰精靈、假面薔薇、波克基斯、鬼盆栽、路卡利歐和烈咬陸鯊。
在茵郁市左邊的天氣研究所，與研究員對話得知某處降雨，然後飛到綠嶺市，沿著右邊岩石走，潛水下去。在有光的地方上浮，進入洞口，盡頭可捕捉海皇牙。
回到天氣研究所與研究員對話，得知某處天氣乾燥。再次飛到冬雪鎮，向左邊走，出現洞口，進去。捕捉古拉頓。
飛到茵郁市向右下走，在洞裡找到渡。渡的隊伍包括刺龍王、沙漠蜻蜓、三頭龍、雙斧戰龍和血。