有機化合物的命名遵循一定的規則，主要包括以下幾個方面：
烷烴的命名。選擇分子中最長的碳鏈作爲主鏈，按照主鏈上碳原子的數目來稱呼，例如，含有10個碳原子的烷烴稱爲癸烷。支鏈的編號從離支鏈最近的一端開始，按照碳原子在主鏈上的順序編號，支鏈的名稱前通常加上“正”、“異”或“新”等形容詞，以表示其位置和特點。
烯烴和炔烴的命名。選擇含有碳碳雙鍵或三鍵最長的碳鏈作爲主鏈，編號方法和烷烴類似。在命名時，要同時寫出碳碳雙鍵或三鍵的位置和支鏈的位置。
苯及其同系物的命名。以苯爲母體，選擇含有最長碳鏈的苯環作爲主鏈，編號方法和烷烴類似。當苯環上含有不同的取代基時，取代基的名稱按照由簡單到複雜的順序排列，並標明取代基在苯環上的位置。
多官能團化合物的命名。當分子中含有兩種或兩種以上的官能團時，命名遵循官能團優先次序、最低系列和次序規則。官能團的標準優先次序爲羧酸、磺酸、羧酸酯、酰滷、酰胺、酸酐、腈、醛、酮、醇、硫醇、酚、硫醚、胺、炔烴、烯烴、醚、硫醚、鹵代烴、硝基化合物和亞硝基化合物。
在命名時，還需要注意以下幾點：
數字與數字之間用逗號隔開，數字與漢字之間用半字線隔開。
取代基的位置、數目和名稱，以及官能團的位置、母體名稱的位置，都需要清晰地表達出來。
命名時要遵循IUPAC的命名法，這是國際上普遍接受的有機化合物命名標準。