會計成本和機會成本是兩個不同的概念，它們在性質、計量方式和來源上有明顯的區別：
性質不同。會計成本是顯性成本，可以用貨幣計量，是企業實際發生的支出，如工資、利息、原材料費用、折舊等，這些成本在財務報表中反映出來；機會成本是隱性成本，通常難以精確計量，它是指爲了從事某項經營活動而放棄另一項經營活動的機會，或利用一定資源獲得某種收入時所放棄的另一種收入。
計量方式不同。會計成本通常採用歷史成本計量，即實際支付的貨幣成本；機會成本可能等於會計成本，也可能不等於會計成本，在某些情況下（如完全競爭條件下），機會成本可能等於會計成本，但在其他情況下（如資源供應不足或商品積壓時），機會成本可能高於會計成本。
成本來源不同。會計成本關注的是企業已經發生的實際支出和支付，強調的是企業的實際成本；機會成本關注的是選擇的機會成本，強調了放棄的最佳選擇的成本，它能夠幫助管理者在決策中考慮到放棄其他機會所帶來的收益。
在管理和決策中，理解和考慮這兩個概念是非常重要的，管理者應該在決策中綜合考慮機會成本和會計成本，以便做出更明智的決策。