新疆沙漠的形成是由多種因素造成的，主要原因包括：
氣候因素。新疆地區的氣候類型為溫帶大陸性氣候，全年乾旱少雨，蒸發量大。塔里木盆地四周被高大山脈環繞，只有西北和西南有缺口，但這些缺口較小，使得暖濕氣流無法充分進入該地區。這導致了盆地內部乾旱，為沙漠的形成提供了條件。
地形因素。塔里木盆地是一個封閉性的山間盆地，內部覆蓋著厚厚的中生代和新生代陸相沉積物，這些沉積物是沙漠的物質來源。
地質活動。由於板塊之間的碰撞擠壓，形成了崑崙山脈和天山山脈等巨大的褶皺山脈，而塔里木盆地地區是斷裂下陷的區域，形成了巨大的盆地地形，進一步加劇了該地區的乾旱程度。
風力作用。由於氣候乾旱、降水稀少，外力作用以風力為主。風力作用的不斷侵蝕和搬運下，大量的沙粒堆積、搬運、移動，形成了無數的流動沙丘。
此外，人為因素如濫伐森林、破壞草原等也是沙漠形成的原因之一。