《叛逆者》的結局是林楠笙和朱怡貞在經歷了一系列的困難和挑戰後，最終迎來了勝利。在結局中，林楠笙將重要情報交給朱怡貞，並自曝身份。孟安南洩露了他們的行蹤給王世安，導致王世安開始派人逮捕林楠笙和朱怡貞。林楠笙為了保護朱怡貞，與孟安南發生打鬥，最終孟安南被林楠笙扔到玻璃上，被玻璃割破喉嚨意外身亡。朱怡貞在發完電報後與林楠笙緊急撤退，但在追趕過程中，朱怡貞中槍，兩人一同跳水，林楠笙被船夫所救，而朱怡貞卻失蹤，生死成謎。
林楠笙歸隊後，繼續尋找朱怡貞的訊息，他不信朱怡貞已經犧牲，多次出現幻覺，看見朱怡貞的幻象。最終，朱怡貞在林楠笙身後出現，兩人重逢，並一起穿上軍裝甜蜜合影。然而，關於朱怡貞是否真的犧牲，劇中並沒有明確交代。有些觀眾認為朱怡貞在最後時刻犧牲，而林楠笙在臨終前產生了與朱怡貞一起看到勝利的幻想。但也有觀眾認為朱怡貞最終找到了生還的可能。
總的來說，《叛逆者》的結局給觀眾留下了開放式的解讀空間，關於朱怡貞的生死並沒有一個明確的答案。