原生動物的特徵主要包括以下幾點：
身體微小：原生動物由單個細胞構成，因此稱之為單細胞動物。它們的體形結構多樣化，有的裸露，有的分泌有保護性的外殼，或體內有骨針。
細胞結構：雖然原生動物只有一個細胞，但這個細胞具有一般細胞的結構，並且細胞質分化出特有的細胞器來執行不同的生理功能。例如，纖毛是草履蟲的運動器，伸縮泡是排泄細胞器，口溝是攝食器等。
運動方式：原生動物以鞭毛、纖毛或偽足來完成運動。
營養方式：原生動物具有光合、吞噬、滲透營養三種營養方式。
呼吸和排泄：主要通過體表（細胞膜）滲透進行呼吸和排泄，伸縮泡（淡水種類普遍存在）只能排出一部分代謝廢物，主要是調節水分。
生殖方式：無性生殖有二分裂、裂體、孢子和出芽生殖，有性生殖有配子生殖和接合生殖。
適應環境：以包囊度過不良環境。
分布廣泛：原生動物分布極廣，多為世界性的，有生活在淡水、海水或潮濕土壤中，也有寄生的種類。
發展階段：在發展上，原生動物是處於低級的、原始階段的動物。它們之中雖然也有群體，但是群體中的每個個體細胞一般還是獨立生活，彼此間的聯繫並不密切。