保健食品原料目錄主要包括以下幾類物質：
營養素補充劑。包括鈣、鎂、鉀、錳、鐵、鋅、錫、銅等礦物質；維生素A、D、B群（如維生素B1、B2、B6、B12、C、K、E）、煙酸（尼克酸）、葉酸、生物素、膽鹼、泛酸、β-胡蘿蔔素、二十二碳六烯酸(DHA)等維生素和脂肪酸。
非營養素補充劑。輔酶Q10、破壁靈芝孢子粉、螺旋藻、魚油、褪黑素、大豆分離蛋白、乳清蛋白等。
特定中藥材。如當歸、山柰、西紅花（藏紅花）、草果、薑黃、蓽茇；黨參、肉蓯蓉（荒漠）、鐵皮石斛、西洋參、黃芪、靈芝、山茱萸、天痲、杜仲葉等。
既是食品又是中藥材的物質。如丁香、八角茴香、刀豆等87種，以及後續新增的玫瑰花（重瓣紅玫瑰）、涼粉草（仙草）等。
這些物質被廣泛用於保健食品中，以滿足不同健康需求。