保健品的原料可以分為天然食品和營養強化食品兩大類：
天然食品。主要包括沙棘、黑加侖、獼猴桃和椰子等，這些以天然食品為主要原料的保健食品安全可靠，不會對人體產生副作用。
營養強化食品。指在食物中加入一定量的胺基酸、維生素和無機鹽等，以提升食品的營養價值，例如維生素A和D強化牛奶、賴氨酸餅乾以及魔芋麵食等。
此外，還有一些特定的植物也被廣泛用作保健食品原料，如西洋參和靈芝。西洋參原產於加拿大和美國北部，適合於有虛火或容易上火的人，是五加科植物西洋參Panax quinquefolium L.的乾燥根。靈芝則是中國傳統的珍貴藥材，屬於多孔菌科真菌，被視為中國的「四大仙草」之一。