穿佛珠三通的方法有幾種，主要包括：
單顆線法。這種方法需要一根鐵絲，首先用鐵絲製作一個空隙，然後插入三通內部，將兩個線頭相互穿過，最後用鐵絲往外一拽，即可完成。
雙線法。適用於孔道較大的情況，首先用兩根線，將佛頭從三通頂部的孔穿出，然後開始穿珠子，珠子穿好後從另一側穿回，形成四股繩子。接著相互交叉這些繩子，用兩個有線的頭穿過頂端的繩子，一拽後只剩下兩頭，最後穿上佛塔配飾。
在操作時，要注意線的選擇應適合三通的孔徑大小，如果線太細而孔太大，可以適當擴大孔徑以確保順利穿過。對於手持或108脖掛等套用，雙線法更為適用，因為它適用於孔道較大的珠子。