佛手瓜常見的病害包括：
蔓枯病。由瓜類殼二孢菌引起，主要危害佛手瓜的蔓、果和葉片。病症表現為蔓上出現褐色長圓形至不規則形的病斑，病斑上生有黑色小粒點。病情嚴重時，蔓會枯死，果實萎縮，對佛手瓜的生產造成影響。
霜霉病。由古巴假霜霉引起，主要危害佛手瓜的葉片。病症初期表現為葉面葉脈間的黃色褪綠斑，嚴重時葉片背面出現受葉脈限制的多角形黃色斑，葉片向上捲曲，並在濕度大的環境下出現白黴。
炭疽病。這種病菌的滋生髮育最佳適溫在24℃，濕度越大越流行，在佛手瓜的整個生育期均能流行。
防治這些病害的措施包括實行2年以上輪作、增施充分腐熟的有機肥、合理灌溉、適時適量控制澆水、雨後及時排水等農業措施，並在發病初期使用相應的藥劑進行噴灑。