《仙劍奇俠傳2》的故事發生在《仙劍奇俠傳》故事幾十年前，講述了李逍遙的故鄉——仙靈島上的故事。故事的主角是李逍遙的初戀——趙靈兒。
在仙劍2中，玩家扮演趙靈兒（女媧後人）和王小虎（男主角）的成長曆程，通過他們的冒險，我們可以看到仙劍世界的壯麗和令人嘆為觀止的風光。在遊戲中，我們也了解到，百年前因巫後過世、水魔獸肆虐、聖姑事敗，林家成為江湖人的禁忌之地，靠著太武禪師把各州弟子的私財押運回南詔國存管等做法盡力補救南詔國的內政問題，將表面撐平，但仍不被外邦接受。玩家可依序將苗疆四域如蠱神教所立足地的、沼澤邊的永安當等、蠻荒島嶼古藤林和聖姑家逐一踏足；會發現每個人的命運交織在一起：一位幽魂縈繞的前輩、一個深藏不露的少女、一個尋找前世記憶的青年等。
以上就是仙劍2的基本故事梗概，如需了解更多，建議觀看相關遊戲劇情解說視頻。